公元十三世纪中叶,这里曾是萨迦王朝的首府,是西藏地方的政治、经济、文化、军事的中心。北宋熙宁六年(1073)由喇嘛教萨迦派(花教)创始人昆?公却杰布创建,萨迦寺便成为该教派的祖寺,后屡经重修。 分南北二寺,北寺建于公元11世纪70年代,南寺建于公元13世纪60年代;寺庙占地面积约4.5万平米,有大殿108个,佛堂经堂约300多个,建筑面积约70万平米,是西藏最大的寺庙之一;现在所说的萨迦寺,指萨迦南寺,萨迦北寺早已被毁;历史上的萨迦寺,分南寺、北寺,北寺修建较早,由萨迦派创始人昆·贡却杰布,于1073年主持修建;南寺修建较晚,由萨迦派第五祖八思巴,于1268年主持修建。殿宇宏伟,布局紧凑,富有元代建筑风格。寺内保存有大量元代壁画、雕像,素有中国第二敦煌之称。萨迦寺是西藏著名的藏书和写经中心。收藏各种经书28000多本,经书之多在全国寺庙中居于首位。